国家自然科学基金是我国支持基础研究的重要渠道，其立项数是衡量高校科研工作和综合实力的重要指标。近年来，遵义医学院获批国家自然科学基金项目连续7年位居全省高校第二，仅次于贵州大学。自2012年以来，该校共获批国家自然科学基金项目294项，资助经费共计11543.1万元，突破亿元大关。

遵义医学院办学历史悠久，积淀深厚，始终坚持以国家、区域经济社会发展重大需求为己任，瞄准学科前沿，凝炼学科方向，着眼于“人”的积极性发挥，建立了科学合理的激励制度和考核制度，构建了一支素质优良、结构合理、层次清晰、特色鲜明、相对稳定的科技人员队伍，在全省高校中发挥了强烈的示范引领带动作用：

一是夯实基础。加强科研平台与团队建设，先后获批建设教育部重点实验室、国际合作联合实验室、国际合作基地与2011协同创新中心等30多个科研平台。打造了教育部、省、厅级创新团队24个。通过“走出去”与“引进来”等方式，加强与上海交通大学、上海中医药大学等知名高校博士研究生的联合培养，进一步拓宽了人才培养的渠道，助推科研学科发展。近年来，培育和涌现了如李晓飞、陈永正、张锋、徐林、龚其海等一批优秀的中青年学术学科带头人和学术骨干，造就了药学学科成为国内一流培育学科和贵州省国内一流建设学科。二是加大奖励。完善科研奖励制度，激发了科研人员的科学研究热情。该校对获得国家自然科学基金不同类型的项目，实行不同的奖励规定，对获得杰出青年科学基金项目奖励80万元，国家自然科学基金重大项目奖励80万元，优秀青年科学基金项目奖励40万元；同时对于合同期内按规定已使用完科研经费的国家级科研项目，可根据实际情况给予10%-50%经费补助。三是整合资源。该校充分整合校内与校外丰富的学科和学术资源，加强与来校的客座教授、候鸟和专家的交流合作。鼓励学科交叉与学科渗透，提倡基础和临床的结合，并加强与生命科学、信息技术、化学、人文和社会科学之间的交叉与融合，发挥“大医学”的整体效能。四是营造学术氛围。该校大力推进学术交流制度化常态化，通过每周邀请国内外相关专家和基金委管理专家来校开展学术经验交流，加强科研人员对重大需求的了解和掌握，确保了选题的导向性和前沿性，同时为青年教师的科学研究和教学研究搭建平台，着力提升青年教师的科研能力。